삼성그룹의 종합 정보기술(IT) 서비스 업체 삼성SDS가 세무당국으로부터 1500억원에 달하는 추징금을 부과 받았다. 6년 전 삼성네트웍스와 합병하는 과정에서 회계상 영업권에 대한 법인세를 누락했다는 이유에서다. 삼성SDS는 일단 추징금을 납부한 이후 행정소송 등으로 불복절차를 밟겠다는 방침이다.

16일 삼성SDS는 잠실세무서로부터 1490억원의 추징금을 부과 받았다고 밝혔다. 삼성SDS는 "지난 2010년 삼성네트웍스와 합병에 따른 영업권 계상금액을 합병평가차익으로 익금산입(법인세법상 수익이 회계상 수익보다 클 경우에 하는 세무조정)해 법인세가 나온 것"이라고 설명했다. 납부기한은 오는 31일이다.

삼성SDS는 회계상 영업권에 법인세를 부과하는 것은 부당하다며 불복 절차를 밟겠다는 입장이다. 삼성SDS는 "납부기한 내 부과금액을 납부할 것"이라며 "이후 적절한 불복 절차를 통해 합병 당시 세법 및 기업회계기준 등 관련 법규를 준수해 영업권을 적법하게 처리했음을 입증할 계획"이라고 밝혔다.

삼성SDS와 삼성네트웍스는 두 회사 사업부문의 역량을 보완하고 글로벌 ICT 서비스 업체로 성장하기 위해 2010년 1월 합병했다. 합병비율은 1대 0.1535297로 삼성SDS가 삼성네트웍스를 흡수합병하는 방식이다.

두 회사가 합병할 2010년 초까지만 해도 회계상 영업권에 대해 과세하지 않는다는 법 조항이 있었으나, 그해 7월 개정된 법 조항에서는 회계상 영업권을 합병차익으로 간주해 과세가 가능하게 됐다. 이후 2013년에는 유권해석을 통해 5년의 부과제척기간 내에 이 법을 소급 적용할 수 있도록 했다.

그 이전만해도 영업권 차익은 일종의 '경영권 프리미엄'으로 간주해 과세하지 않았으나 법 조항이 바뀌어 버린 것이다. 이에 따라 지난 2007년에 합병한 동부하이텍(동부한농이 동부일렉트로닉스를 흡수합병)은 2010년 말에 바뀐 법을 기준으로 2013년에 778억원의 법인세를 추징 당했다. 작년 4월 셀트리온제약(100억원) 역시 합병으로 인한 영업권 계상을 잘못했다며 세금을 통보 받는 등 영업권 회계처리 문제로 세무당국으로부터 거액의 세금을 추징당하는 사례가 이어지고 있다.

삼성SDS가 이번에 받은 추징금은 작년 1~3분기 누적 연결 순이익(3284억원)의 45%로 거의 절반에 달하는 규모다. 지난 2014년 연간 순이익(4343억원)에 비해서도 34%에 달한다.