‘도시 및 주거환경정비법’과 ‘빈집 및 소규모주택 정비에 관
한 특별법’에 따라 각각 관리처분계획 인가와 사업시행 인가 후 취득한
‘입주자 선정 지위’를 조합원 입주권이라고 한다. 세법에서는 이를
주택과 구분해 양도소득세를 적용한다. 이때 유의해야 할 점을 몇 가지 알아두
면 좋다.


먼저 비과세 부분이다. 일시적 2주택을 포함한 1가구 1주택의 경우 보유 기간
및 거주 기간 요건을 충족하면 매도금액 12억원 이하분에 대해 비과세가 가능하
다. 다만 12억원 초과분에 대해서는 장기보유공제 등을 반영해 양도소득세를 계
산한다. 그러나 매도 시점이 관리처분계획 인가일 이후라면 관리처분계획 인가
일 기준으로 주택 비과세 요건을 만족한 경우에만 비과세 혜택을 받을 수 있다
.


관리처분계획 인가일을 적용할 때 기준 날짜는 최초 인가일이다. 사업 진행 과
정에서 사업시행인가 및 관리처분계획이 여러 차례 변경될 수 있다. 하지만 양
도소득세 적용에 최초 관리처분계획 인가가 소송으로 무효가 되거나 취소되지
않는 이상 그 기준 날짜는 최초 인가일로 한다.


주택과 조합원 입주권을 구분해 검토하는 이유는 장기보유공제 반영 때 구분해
계산해야 하기 때문이다. 주택은 최초 취득 시점부터 매도 시점까지 보유 기간
과 실제 거주 기간을 계산해 장기보유공제를 적용한다. 그러나 조합원 입주권은
양도 차익을 계산할 때 관리처분계획 인가 전 차익과 인가 후 차익으로 나눠
계산한다.


관리처분계획 인가 전 차익은 기존 건물분에 대한 차익이다. 인가 후 차익은 실
제 거래에서 조합원 분양을 받을 수 있는 권리에 대한 프리미엄이다. 따라서 조
합원 입주권 상태에서 매도하는 경우 장기보유공제는 관리처분계획 인가 전 차
익에 대해서만 적용받을 수 있다. 프리미엄 부분에 대한 차익은 장기보유공제를
적용할 수 없다.


일반적으로 매도액 12억원을 초과해 일부 양도소득세가 발생하는 경우 장기보유
공제가 반영될 것으로 여겨진다. 하지만 세법에서는 각각 별개의 항목으로 규정
하고 있으므로 구분해 판단해야 한다. 관리처분계획 인가를 앞둔 구역이라면 실
제 거래는 예상 프리미엄을 반영해 계산하기 때문에 양도소득세 관점에서는 관
리처분계획 인가 전에 매도하는 것이 유리하다.


기존 주택 소유자가 조합원 입주권으로 변경된 뒤 공사를 마친 신축 주택을 양
도하는 경우라면 장기보유공제를 별도로 계산해야 한다. 이때 기존 주택에 대한
양도 차익과 청산금 납부분에 대한 양도 차익을 구분한다. 기존 주택에 대한
차익에 관해서는 보유 기간은 최초 취득일부터 신축 주택 양도일까지, 거주 기
간은 최초 취득일부터 관리처분계획 인가일까지 계산한다. 청산금 납부분에 대
해서는 보유 기간의 경우 관리처분계획 인가일부터 신축 주택 양도일까지, 거주
기간은 신축 주택 준공일부터 양도일까지 구분해 계산한다.


이는 관리처분계획 인가 전 매수한 원조합원의 경우에 해당한다. 관리처분계획
인가일 이후 매수하면 승계 조합원이 되고, 주택 취득 시기는 공사 기간을 거
쳐 신축 주택이 준공된 이후부터 보유 기간으로 계산한다. 승계 조합원은 입주
권으로 매도하는 경우 1가구 1주택 비과세와 장기보유공제를 적용받지 못한다.
준공일로부터 3년 이상 보유해야 장기보유공제가 가능하다.


김성일 리겔세무회계 대표회계사



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